Je me suis exactement posé la même question en allant au boulot tout à l'heure.
Je pense que les deux idées ne sont pas contradictoires. L'atonie est bien là pour empêcher les mouvements de s'effectuer, elle s'active à chaque fin de cycle, car on s'approche de l'éveil. Seulement, elle n'a besoin de s'activer tout le temps, uniquement aux moments où le réveil est proche. Ne pas oublier que la distinction des différentes phases est neurologique, c'est une question d'ondes cérébrales avant tout. Les ondes REM sont plus proches de l'état d'éveil que les ondes du sommeil lent léger. Donc, le risque de bouger (indépendamment du type de rêve qu'on fait) est plus grand en REM qu'en sommeil léger. C'est tout. C'est une question d'état physiologique du corps à un moment donné du cycle.
On s'endort (veille => sommeil léger), phase descendante.
On dort profondément (sommeil profond), phase creuse/stagnante.
On commence à remonter à la surface (sommeil léger), phase ascendante.
On est à deux doigts du réveil (REM), phase simili-réveil.
Je pense que le sommeil est à penser en hiérarchie, comme ça.
Si on rêve dans le cycle, c'est dans les phases ascendante et simili-réveil, car c'est dans ces moments qu'on remonte à la surface. L'atonie se déclenche en phase simili-réveil car comme son nom l'indique, il y a très peu de différence avec l'éveil. Vu sur papier comme ça, le REM est une anticipation du réveil, d'où les FE (je n'ai pour l'instant noté aucun FE dans mon sommeil léger avec mon Dreem, et ça m'étonnerait que ça arrive un jour).
Quant à la question de pourquoi on bouge pas en sommeil léger, pense à toutes les fois où t'as rêvassé en cours, ou assis dans un fauteuil. Les rêveries étaient bien élaborées et pourtant tu ne bougeais pas. Je pense que le sommeil léger fonctionne pareillement. Les rêves peuvent être réalistes, longs, détaillés, mais c'est pas pour autant que ça te fait bouger IRL. Ton cerveau est en phase lente, t'es comme hypnotisé.
Mon explication est donc ceci : la seule raison qui explique qu'il y a atonie en REM et pas en sommeil léger, c'est une question d'ondes cérébrales. Indépendamment du rêve que t'es en train de faire, c'est l'activité cérébrale qui "décide" si t'es paralysé ou pas. Autrement dit, tu peux faire un rêve dingue et réaliste en sommeil léger, et inversement, tu peux être en atonie musculaire et ne pas rêver (c'est le cas lors de mes PS où j'attends dans mon lit et rien d'onirique ne se passe).